En Guadalajara fue asignado al templo de Belén del Hospital Civil, en 1934. Ahí tuvo un contacto muy cercano con los enfermos del hospital, pronto estrechó su relación con ellos y se entregó al cuidado de los más necesitados.
Se le nombró capellán de San Sebastián de Analco y desde ahí continuó atendiendo a los enfermos. Finalmente fue designado capellán del Hospital Civil de Guadalajara donde hasta su muerte atendió material y espiritualmente a los aquejados por el mal de Hansen.
El lazareto de ese hospital se trasladó, tiempo después de su muerte, a Santa María Tequepexpan, municipio de Tlaquepaque y fue bautizado con el nombre "Estancia del Padre Bernal".
Además de su sentido humanitario, el padre Bernal tenía una personalidad fuerte y un estilo incisivo. Era un orador elocuente y penetrante, con sus predicaciones lograba sacudir las conciencias de sus oyentes que más que huir de los sermones lo buscaban para escucharlo. Aún se le recuerda como un conferencista de palabras de fuego.
Juan B. Bernal llevó su labor eclesiástica más allá del templo. Se consagró a la atención de los enfermos, se preocupó por organizar retiros espirituales y misiones, y todavía se dio tiempo para patrocinar el grupo de los toreros y dirigir la Unión de los Ferrocarrileros. La muerte lo encontró finalmente después de una larga y agobiante enfermedad el 23 de marzo de 1966 en Guadalajara, Jalisco.